Los programas de abajo son freeware, es decir que se distribuyen sin cargo, son totalmente gratuitos. Tampoco incluyen ningún tipo de spyware/adware o cosas por el estilo. Son los programas que recomiendo para limpiar el registro de Windows.

El registro es una zona en la que Windows guarda las configuraciones que la mayoría de los programas utiliza para ejecutarse correctamente. Pero con el paso del tiempo, con la desinstalación de programas, el registro tiene errores, y guarda restos de información innecesaria (muchos programas dejan restos en el registro, debido a que no se desinstalan bien); esto lo que provoca es una posible relentización del Sistema Operativo.
CCleaner

Se trata de un programa Freeware para limpiar tu ordenador, es decir que además de limpiar el registro también puede liberar espacio de tu disco duro borrando archivos innecesarios como por ejemplo archivos temporales de Internet. Con un sólo clic podrás acelerar tu disco duro y limpiar el Registro de Windows con una herramienta estupenda, y además gratuita como es el caso de CCleaner.
RegCleaner

RegCleaner es un programa sencillo de usar que te permite eliminar fácilmente las entradas obsoletas del registro que se han creado por programas que hace siglos que no usas.
No es como otros programas que limpian el registro, que buscan los nombres de los ficheros en el registro, y si el fichero ya no existe, borran el valor del registro de donde se encontraba el fichero registrado.
Eusing Free Registry Cleaner
Los problemas más frecuentes que es capaz de resolver este programa son los siguientes:
- Eliminación de DLL, ficheros de ayuda, Active X invalidos o no utilizados.
- Supresión de rutas de archivo incorrectas, entradas incorrectas en el arranque y en agregar o quitar programas.
- Detección y borrado de claves creadas por programas ya desintalados del equipo.
EasyCleaner
Easy Cleaner es una solución gratuita para optimizar, acelerar y liberar espacio en tu PC.
Basicamente trabaja sobre el registros de windows, eliminando entradas inservibles o erroneas (como desinstalaciones mal hechas) y sobre el disco duro, eliminando archivos duplicados o innecesarios para liberar espacio.
RegSeeker

ste programa no requiere ningún tipo de instalación, y con él podrás buscar cadenas, borrar, exportar y editar los resultados, acceder a las claves del registro de los programas, etc…
Hay un manual completo de cómo utilizar este programa en la siguiente web: www.forospyware.com/t713.html